国电南瑞以过程管理为导向，按照质量、环境、职业健康安全管理标准和信息安全管理管理标准要求建立和实施整合型管理体系；进一步融合其它管理体系，如软件能力成熟度模型集成CMMI、企业资源规划ERP等，以建立更完善的管理体系。

国电南瑞十分重视管理体系的建设，延续了南京南瑞集团公司自1996年就开始按照GB/T19001(idt ISO9001)质量管理体系标准建立的质量管理体系，进行严格的质量管理，并且纳入该体系运行。

2002年国电南瑞独立通过ISO9001：1994质量体系认证，并完成ISO9001：2000转版评审。

2005年12月，通过ISO 9001：2000版质量管理体系认证复评。

2007年10月，国电南瑞实施质量、环境、职业健康安全三标合一的整合型管理体系。

2008年获得了GB/T19001质量管理体系、GB/T24001 (idt ISO14001)环境管理体系、GB/T28001(neq OHSAS 18001)职业健康安全管理体系这三个管理体系的认证证书。也称之为整合型管理体系或三合一管理体系。

2009年12月通过CMMI ML2评估，目前正稳步向更高能力成熟度等级研发管理模式迈进。

2010年通过ISO9001：2008版质量管理体系转版认证,并全面开展质量、环境、职业健康安全、信息安全“四标”整合管理体系建设工作。

2011年通过GB/T19001质量管理体系、GB/T24001 (idt ISO14001)环境管理体系、GB/T28001(neq OHSAS 18001)职业健康安全管理体系认证复评，获得了GB/T 22080（idt ISO 27001）信息安全管理体系的认证证书。